Фамилия Каперец — редкий случай, когда географический след в окончании почти наверняка перевешивает семантику корня. Суффикс -ец в русских фамилиях чаще всего указывает на выходца из определённой местности: «откуда человек». Если перед нами Каперец, то логичнее всего предположить, что основа — название населённого пункта. И такой пункт действительно есть: село Капорцы (в разных источниках — Каперцы) в Гатчинском районе Ленинградской области, а также деревня с похожим корнем в Псковской губернии. Житель таких мест и получал прозвание «каперец» — то есть «капорец» через акающее произношение.

Корень капор- в топонимике этих земель обычно связывают с финно-угорским субстратом. В прибалтийско-финских языках есть слово kapo — «убор», «шапка», но применительно к местности это могло означать «голову» холма, возвышенность или изгиб реки. Версия с прозвищем от слова «капор» (старинный женский головной убор) — возможна, но менее убедительна: прозвища по головным уборам давали редко, и они почти не образовывали фамилий на -ец.

Фамилия Каперец почти не фиксируется в центральных и южных губерниях Российской империи. Её ареал — Северо-Запад, Новгородская и Петербургская губернии, а также прилегающие территории современной Ленинградской области. Это типичная «местническая» фамилия, которая закрепилась за крестьянами или мещанами, переселившимися из одного села в другое, но сохранившими память о малой родине в родовом имени.

Морфологически фамилия стоит в именительном падеже единственного числа, что для русских фамилий на -ец нетипично: обычно они склоняются (Каперца, Каперцу). Но здесь форма застыла как прозвищное именование: «он — каперец». Такие фамилии встречаются реже, чем патронимические на -ов/-ин, и часто указывают на относительно позднее оформление — в XVIII–XIX веках, когда фамилии давали по месту жительства уже не как отчество, а как прямое указание на происхождение.