Фамилия Капера — редкий случай, когда основу можно трактовать и как профессиональное прозвище, и как искажённое имя. Первое, что бросается в глаза: у фамилии нет типичного русского суффикса (-ов, -ин, -ский). Окончание -а указывает либо на украинское или белорусское происхождение (где фамилии часто застывают в форме именительного падежа без притяжательного суффикса), либо на то, что перед нами полонизированная или немецкая фамилия. В польском языке «kaper» — это капер, то есть пират, действовавший с разрешения властей. В немецком «Kaper» означает то же самое. Предок мог получить такое прозвище за буйный нрав, склонность к риску или за службу на каперском судне.

Вторая версия ведёт в южнославянские и украинские говоры. Там «капера» или «капер» — диалектное название капеллана, то есть католического священника, или же просто человека, который пел в церковном хоре (от лат. capella — часовня, хор). В этом случае фамилия указывала на род занятий или на принадлежность к духовному сословию.

Третий, менее очевидный вариант — фонетическое искажение еврейской фамилии Каплан (коэн, священник) или Капур (из идиша). В документах XIX века, особенно на территории черты оседлости, фамилии часто записывали на слух, и «Капера» могло возникнуть из попытки передать иноязычную фамилию русскими буквами.

Географически фамилия Капера встречается в основном на западе Украины (Волынь, Подолье), в Беларуси и среди потомков эмигрантов в Польше. В России она крайне редка. Суффикса нет, но модель образования простая: прозвище или профессия стали фамилией напрямую, без добавления патронимического окончания. Это характерно для поздних фамилий, которые оформились уже в XIX веке у мещан и крестьян западных губерний. О сословной принадлежности сказать сложно: носители могли быть и шляхтичами (польская традиция), и церковнослужителями, и просто крестьянами, получившими фамилию по прозвищу.