Фамилия Капернит — редкая и нестандартная для русского уха. Её звучание и строение сразу наводят на мысль о западном, скорее всего еврейском, происхождении. В русской ономастике она стоит особняком, и попытка разложить её по привычной схеме «имя + суффикс -ов» здесь не сработает.

В основе фамилии, скорее всего, лежит немецкое или идишское слово «Kaper» — «капер», то есть частное лицо, которое с разрешения властей снаряжало судно для захвата вражеских торговых кораблей (пират на государственной службе). Второй корень — «niet» (с нем. «нет», «не») или, что вероятнее, суффикс, указывающий на принадлежность. Однако более правдоподобна версия, что Капернит — это вариант фамилии Каперник (Capernik), образованной от названия города или местечка. В Восточной Европе существовали поселения с похожими названиями (например, Капернаум — древний город на берегу Галилейского моря, известный по Евангелию). Для еврейских фамилий характерно образование от топонимов: человек, родом из Капернаума, мог получить прозвище, которое затем закрепилось как фамилия.

Суффикс -ит в русской среде нетипичен для фамилий (обычно это -ов, -ин, -ский). Он скорее указывает на иноязычное происхождение, возможно, на польское или украинское влияние, где окончание -ит встречается чаще. Если предположить, что фамилия могла быть адаптирована при переезде в Российскую империю, то исходная форма могла звучать как Каперниц или Каперник. В таком случае человек по прозвищу Каперник мог быть либо выходцем из упомянутого города, либо, что менее вероятно, потомком капера, чья фамилия была русифицирована с добавлением характерного окончания.

География фамилии сегодня крайне размыта. В дореволюционных метрических книгах Каперниты почти не встречаются, что подтверждает её редкость. Скорее всего, носители этой фамилии — потомки еврейских переселенцев из черты оседлости, которые могли получить фамилию при массовом присвоении фамилий в начале XIX века. Тогда чиновники часто записывали прозвища на слух, без привязки к единому стандарту, что и породило такие необычные формы. Единой и бесспорной версии происхождения нет, но связь с географическим названием или профессией (капер) выглядит наиболее логичной.