Фамилия Капилатус — редкий случай, когда русское прозвище «законсервировалось» в латинской грамматической форме. В её основе лежит латинское слово capillatus — «волосатый», «косматый». Это напрямую указывает на прозвище: так в старину могли назвать человека с длинными, густыми или неопрятными волосами. Прозвище это — не русское по происхождению, а книжное, скорее всего пришедшее через семинарскую среду.

В XVIII–XIX веках в духовных училищах и семинариях было принято давать будущим священникам «искусственные» фамилии на латинский или греческий манер. Их могли образовать от прилагательных, обозначающих внешность, характер или добродетели. Так появились фамилии Целомудров, Сперанский (от лат. spero — надеюсь), Бенедиктов (от benedictus — благословенный) и, вероятно, Капилатус. Семинарист с заметной шевелюрой мог получить прозвище Капилатус, которое затем закрепилось как фамилия.

Суффикс -ус в конце — характерная черта латинизированных фамилий. В русском языке такие окончания не свойственны, поэтому Капилатус стоит особняком среди типичных русских фамилий на -ов, -ев или -ин. По этой же причине фамилия почти не подвергалась склонению в быту: её воспринимали как застывшую форму.

Географически фамилия встречается крайне редко, в основном на юге России и в бывших малороссийских губерниях, где семинарские традиции были особенно сильны. Встречаются варианты написания: Капилатус, реже — Капилятус или Капеллатус, но исходная форма с одной «л» и через «и» — основная.

Сословно предки носителя фамилии почти наверняка принадлежали к духовенству, возможно, к потомственным священникам. Фамилия не получила широкого распространения и не перешла в дворянские роды — она осталась маркером узкой семинарской среды XIX века.