Фамилия Капилин — одна из тех, где за простым звучанием скрывается неожиданный поворот. На первый взгляд кажется, что в основе лежит что-то «капитальное» или даже «капитанское», но лингвисты смотрят иначе. Самая вероятная версия отталкивается от просторечного, почти шутливого прозвища. В русских говорах «капила» или «капилка» — это не что иное, как копилка, то есть ёмкость для хранения монет. Так могли назвать бережливого, прижимистого человека, который копил добро, или, наоборот, того, кто вечно жаловался на безденежье. В слове произошла типичная для живой речи замена звука: «о» перешло в «а» под влиянием аканья, и «копилка» превратилась в «капилку».

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Капилин — это буквально «сын Капилы» или «человек из рода Капилы». Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков, когда прозвище отца переходило к детям в притяжательной форме. Если бы основой было церковное имя, мы бы искали его в святцах, но ни Капила, ни Капил в православных календарях нет. Значит, перед нами чисто мирское, бытовое прозвище.

Существует и более редкая, но не лишённая оснований гипотеза. В некоторых регионах «капилой» называли часть рыболовной снасти — разновидность перемёта или крючка. Тогда прозвище мог получить рыбак, мастер по изготовлению таких снастей. Однако эта версия уступает первой по распространённости: фамилия Капилин встречается в основном в центральных и южных областях России, где земледелие и скотоводство преобладали над рыболовством.

Интересно, что фамилия не стала массовой и не породила множества однокоренных вариантов вроде Капилов или Капилкин. Это говорит о том, что прозвище было локальным, деревенским, не вышло за пределы одной-двух губерний. В документах XVIII–XIX веков Капилины чаще всего числятся государственными крестьянами, то есть людьми, которые не были крепостными, а платили подать напрямую казне. Их предок, получивший прозвище за характер или занятие, остался в истории только через эту фамилию — без громких титулов, но с живым народным словом.