Фамилия Капилинский — редкий случай, когда суффикс -ский не указывает на дворянское происхождение или географическую привязку к топониму, а скорее всего, врос в основу из польского или украинского варианта фамилии. В русской традиции фамилии на -ский обычно получали священники (по названию церкви или села) или шляхта, но для Капилинского более вероятен другой путь: это адаптация фамилии Капилин (или Капила) с последующим наращением типичного для западных регионов суффикса.

Основа фамилии — прозвище Капила. В северных и центральных говорах «капила» означало «скупой, скряга», а в южных и украинских диалектах — «капля» или «небольшое количество». Впрочем, не исключено, что корень восходит к уменьшительной форме канонического имени Капитон (от латинского capito — «головастый, большеголовый»). В этом случае Капила — домашнее, обиходное имя, от которого через патроним (Капилин) и возникла фамилия. Двойной суффикс -ин-ский — характерная черта фамилий, которые складывались в пограничных землях Речи Посполитой и Российской империи: сначала образовывали форму на -ин (чей? — Капилин), а затем, при переселении или смене сословия, переоформляли её в «благородную» на -ский.

Географически фамилия Капилинский встречается крайне редко, преимущественно на западе современной России (Смоленская, Брянская области) и в Беларуси. Это подтверждает версию о западнорусском или белорусском происхождении. Социальный контекст: если предки были крестьянами или мещанами, то суффикс -ский мог появиться при записи фамилии в церковных книгах — священники часто «облагораживали» фамилии прихожан, добавляя эту концовку, чтобы фамилия звучала «книжнее».

Таким образом, Капилинский — это не фамилия от названия села Капилино (такого топонима не зафиксировано), а вторичная форма, образованная от личного прозвища или имени с помощью двух суффиксов. Вариант написания с двумя «и» (Капилинский, а не Капиленский) закрепился под влиянием русского правописания, хотя в польском варианте могло бы быть Kapiliński.

Если искать однокоренные фамилии, то в том же регионе встречаются Капилин, Капилов, Капиленко — все они восходят к той же основе. Капилинский стоит особняком: он как бы «приподнят» над ними за счёт суффикса, но по сути — та же крестьянская или мещанская фамилия, только записанная с претензией на статус.