Фамилия Капинас — редкая для России и почти наверняка литовская или жемайтийская по происхождению. В русском языке она закрепилась в форме на -ас, что характерно для фамилий, пришедших из литовского языка и не подвергшихся полной русификации (в отличие от фамилий на -ов/-ев или -ин).

Основа фамилии — литовское слово kapinės (кла́дбище) или его диалектный вариант. Соответственно, прозвище Капинас мог получить человек, живший рядом с кладбищем, работавший при нём (сторож, могильщик) или владевший землёй по соседству. В литовской ономастике есть целый ряд фамилий от топографических или профессиональных признаков, и «Капинас» — один из них. Менее вероятна, но допустима версия от личного имени Капинас как производной формы от христианского имени Капитон (в народном произношении — Капина), но в таком случае фамилия была бы скорее восточнославянской (Капинин, Капитонов), а не литовской.

Географически фамилия Капинас почти не встречается в центральной России. Её носители — потомки выходцев из Литвы или Западной Беларуси, где литовский субстрат силён. В самой Литве фамилия Kapinas (и её женские формы Kapinienė, Kapinaitė) фиксируется в метрических книгах XIX — начала XX века, особенно в Жемайтии.

В русском контексте фамилия сохраняет исходное литовское ударение на первый слог — Кáпинас. Ошибка «Капинáс» возникает при попытке прочитать её по правилам греческих или латинских заимствований, но для этой фамилии такое ударение неверно.