Фамилия Капкайкина — редкая и неочевидная по происхождению. Её основательнее всего разбирать через суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: чей? — сын или потомок человека, названного основой. В данном случае основа — Капкайка. Это, скорее всего, прозвище или мирское имя.

Корень «капк-» может вести в две стороны. Первая и самая прямая — от слова «капкан». Прозвище Капкайка могли дать охотнику, зверолову, человеку, который ставил капканы, или тому, кто отличался хваткостью, цепкостью, «защёлкивал» противника в споре. Вторая версия — диалектная. В некоторых говорах «капкать» означало «капать», «течь по капле», а «капка» — капля. Тогда Капкайка — прозвище человека с «капающим» носом или, в переносном смысле, нудного, «капающего на мозги». Это менее вероятно, но полностью исключать нельзя: прозвища по физическим особенностям встречаются часто.

Суффикс -айк- в основе — уменьшительная или пренебрежительная форма, типичная для русских имён и прозвищ (ср. Ванька, Петька, Зайка). То есть Капкайка — не просто «капкан», а «маленький капкан» или «Капканчик». Такая форма могла закрепиться за младшим членом семьи или человеком невысокого роста, но с тем же характером. Фамилия женского рода (Капкайкина) указывает, что первоначально она принадлежала женщине или была образована от мужской формы Капкайкин.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России, где суффикс -ин и прозвищные формы на -ка особенно распространены. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении — от одного прозвища в конкретной деревне или волости. Сословно носители, скорее всего, были крестьянами или охотниками-промысловиками, поскольку прозвище связано с бытовым занятием, а не с книжным именем.

Таким образом, Капкайкин — потомок человека по прозвищу Капкайка, которое, вероятнее всего, означало «ловца, охотника» или «цепкого, хваткого человека». Фамилия сохранила в себе звучание деревенского обихода, где меткое слово прирастало к роду на века.