Фамилия Капшанинов образована от прозвища Капшанин, которое, вероятно, восходит к названию реки Капшана в Ленинградской области. Она протекает по территории Лодейнопольского и Тихвинского районов. Согласно этому, вполне вероятно, что основатель рода Капшаниновых был выходцем с берегов реки Капши. Менее вероятно, что фамилия Капшанинов происходит от прозвища Капшан, которое восходит к татарскому слову «капшана», что в переводе на русский язык означает «ощупь, ощупывать». Таким образом, можно предположить, что Капшаном назвали лекаря. В этом случае, фамилия Капшанинов представляет собой отчество второго порядка: Капшанинов — сын Капшанина и внук Капшана. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Капшанин, со временем получил фамилию Капшанинов.