Фамилия Капшанинов — редкий пример того, как фамилия может быть связана с конкретным местом на карте. Её основа, прозвище Капшанин, скорее всего, указывает на человека, жившего на берегах реки Капшаны. Эта река протекает по Лодейнопольскому и Тихвинскому районам Ленинградской области. Согласно этой версии, родоначальник Капшаниновых был выходцем с берегов Капши, а прозвище «Капшанин» означало «житель с реки Капшаны».

Менее вероятная, но существующая гипотеза выводит фамилию из татарского слова «капшана» — «ощупь, ощупывать». Если принять эту версию, прозвище Капшан могли дать лекарю или знахарю, который лечил наощупь. В этом случае цепочка образования фамилии выглядит иначе: сначала было личное прозвище Капшан, от него образовалось отчество Капшанин (сын Капшана), а затем — Капшанинов (внук Капшана). То есть фамилия представляет собой отчество второго порядка.

Однако топонимическая версия выглядит убедительнее. Во-первых, в русской ономастике модель «название реки + -анин» (ср. Москвин от Москва, Тверитин от Тверца) — типичный способ образования прозвищ по месту жительства. Во-вторых, вторая версия упирается в то, что прозвище Капшан не фиксируется в известных исторических источниках как распространённое, а фамилия Капшанинов — единичная. Это говорит о том, что она образована не от бытового прозвища, а от локального географического названия.

По суффиксу фамилия типична для русского Севера и Поволжья, где часто встречаются фамилии на -инов, образованные от основ на -анин. В данном случае суффикс -инов присоединился к основе «Капшанин», дав форму «Капшанинов» — буквально «сын Капшанина». Такую модель подробно разбирал Б. Унбегаун в «Русских фамилиях»: фамилии на -инов возникали, когда исходное прозвище уже имело окончание -ин, и к нему добавляли ещё один патронимический суффикс.

Таким образом, с большой долей вероятности фамилия Капшанинов — это топонимическое прозвище, закрепившееся за выходцем с берегов реки Капшаны. Носитель фамилии может считать себя связанным с этим уголком Ленинградской области, где река Капшана впадает в Свирь.