Фамилия Капшанинова — отчество второго порядка. Она означает «внук Капшана» и «сын Капшанина». Модель образования типична для русских фамилий: к основе прозвища добавили суффикс -ин, а затем нарастили -ов, чтобы передать принадлежность по мужской линии.

Самая надёжная версия связывает фамилию с гидронимом Капшана — рекой в Ленинградской области. Она течёт по территории Лодейнопольского и Тихвинского районов. Скорее всего, первого Капшанина прозвали так по месту жительства: он был выходцем с берегов этой реки. В русской ономастике такой способ образования фамилий встречается часто — от названия реки или села с помощью суффикса -ин (ср. Москвин, Тверитин).

Менее вероятна гипотеза, что в основе лежит татарское слово «капшана» — «ощупь, ощупывать». Если принять эту версию, прозвище Капшан могли дать лекарю, который лечил руками, прощупывал больного. Но эта этимология остаётся спорной: в доступных словарях тюркских заимствований в русских фамилиях (например, у Б. Унбегауна) такое слово не фиксируется. К тому же географическая привязка к реке Капшане выглядит убедительнее — она объясняет и суффикс, и сам топоним.

Фамилия редкая, её нет в массовых списках распространённых русских фамилий. Это говорит о локальном происхождении: скорее всего, род Капшаниновых долго жил на одной территории, на северо-западе России, и не расселялся широко.