Фамилия Капшанинов — это отчество второго порядка, то есть «сын Капшанина» и «внук Капшана». Самая убедительная версия связывает её происхождение с названием реки Капшана в Ленинградской области. Этот приток Паши протекает по территории Лодейнопольского и Тихвинского районов. По этой логике прозвище Капшанин получил выходец с берегов Капши, а его потомки закрепили за собой фамилию Капшаниновы.

Менее вероятна, но всё же обсуждается версия о тюркском корне. Татарское слово «капшана» означает «ощупь, ощупывать». Если принять эту гипотезу, то прозвище Капшан могли дать лекарю, который работал руками и определял болезнь на ощупь. Однако в ономастических трудах (например, в работах Б. Унбегауна по русским фамилиям) приоритет обычно отдаётся географическому принципу: фамилии на -инов в подавляющем большинстве случаев образовывались именно от названий мест, а не от редких заимствованных слов.

Суффикс -инов — редкая и архаичная форма. В классической модели фамилий от названий рек и городов чаще встречается окончание -ский (Капшанский) или просто -ов (Капшанов). Форма Капшанинов говорит о том, что прозвище Капшанин уже само по себе было отчеством: сначала человека звали просто Капшан (житель с Капши), его сына — Капшанин, а внука — Капшанинов. Такая двойная патронимическая цепочка — верный признак того, что фамилия сформировалась не в центральных регионах, а на северо-западе, где дольше сохранялись древние словообразовательные модели.