Фамилия Каракетов указывает на северокавказские корни, скорее всего, карачаево-черкесские. В её основе лежит имя или прозвище Каракет. Если разобрать его по составляющим, то «кара» с тюркских языков переводится как «чёрный», а «кет» в данном контексте может означать «малыш» или «лилипут». Таким образом, имя Каракет буквально означает «чёрный малыш» или «чёрный лилипут». Вероятнее всего, так называли младенца с тёмными волосами и очень маленькими размерами — имя давалось по внешнему признаку и не несло негативного смысла, скорее описывало ребёнка.

Существует и другая версия происхождения, связанная с географией. Фамилия могла возникнуть от названия черкесской реки Каракет — выходец с её берегов получал прозвище по месту жительства. Также есть упоминания о кавказском городе с похожим названием. В таком случае фамилия не описывает внешность, а привязывает род к конкретной местности.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который в этой среде указывает на принадлежность: «сын Каракета» или «потомок Каракета». Эта модель типична для русифицированных фамилий народов Кавказа, где тюркские или местные имена получали русское оформление при интеграции в имперскую административную систему. Ударение, скорее всего, падает на последний слог: Каракетов.

Из-за редкости фамилии её точная география бытования узкая — она встречается преимущественно в Карачаево-Черкесии и среди потомков выходцев с Северного Кавказа. Однозначно определить, какая из версий (прозвищная или топонимическая) верна для конкретного рода, можно только по семейным преданиям или документам, но лингвистически обе состоятельны.