Фамилия Каракотин образована от прозвища Каракота, и её происхождение стоит искать не в русском, а в украинском языке. Основа — нарицательное слово «каракати», которое переводится как «короткие сапоги». Скорее всего, прозвище Каракота получил человек, который либо сам носил такую необычную обувь, либо, что правдоподобнее, занимался её изготовлением. Вторая версия — профессиональная: предок носителя фамилии мог быть сапожником, специализировавшимся на коротких сапогах. Такие прозвища по ремеслу — частая модель в славянской ономастике, поэтому она выглядит весомее, чем просто указание на внешность.

Фамилия построена по стандартной русской модели: к основе Каракота добавили суффикс принадлежности -ин, который отвечает на вопрос «чей?». Каракотин буквально означает «сын Каракоты» или «человек из рода Каракоты». Этот суффикс типичен для фамилий, образованных от слов или прозвищ, оканчивающихся на -а, -я. В украинской среде та же основа могла бы дать фамилию Каракота (без суффикса) или Каракатенко, но в русском контексте закрепился именно вариант на -ин.

Само слово «каракати» — редкое, диалектное. Оно не входит в активный словарь ни русского, ни современного украинского языка, что делает фамилию локальной. Можно предположить, что её корни — в южнорусских или украинских говорах, где подобная лексика бытовала. Точное место и время возникновения фамилии Каракотин установить сложно: процесс формирования фамилий у крестьян и ремесленников растянулся на несколько столетий и завершился в основном к XIX веку. Однако именно редкость основы и её прозрачная связь с конкретным ремеслом делают эту фамилию выразительным памятником бытовой культуры восточных славян, где за каждым прозвищем стоит своя маленькая история.