Фамилия Каракотова — женская форма фамилии Каракотов, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. Основа «кара» с тюркских языков переводится как «чёрный», «тёмный» или «большой», «главный» (ср. кара-кум — «чёрные пески», караван — «караван»). Вторая часть, «кот», может восходить к тюркскому «кот» — «дом», «жилище» или к «кут» — «душа», «счастье», «благодать». В таком случае Каракотов — это «чёрный дом» или, что вероятнее, «большое счастье» (в значении «великое благополучие»). Однако есть и другая версия: «кот» — это искажённое «кут» (волк) или «кат» (слой, ряд), но эти варианты менее распространены.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность, то есть Каракотов — потомок человека по прозвищу Каракот. Такие прозвища часто давали по внешности (человек с очень тёмными волосами или кожей) или по роду занятий (например, хозяин чёрной юрты или шатёр). Встречается фамилия преимущественно на Северном Кавказе, особенно среди карачаевцев и балкарцев, где тюркские корни сохранились в фамилиях. В русском контексте она редка и могла появиться через браки или переселения.

Спорный момент — возможная связь с осетинским «кæркот» (курица), но это маловероятно, так как фамилии от названий птиц обычно образуются иначе (Курицын, Петухов), а компонент «кара» чётко указывает на тюркский пласт. Если опираться на труды по ономастике (например, работы В. А. Никонова о тюркских элементах в русских фамилиях), то версия с «чёрным домом» или «великим счастьем» выглядит убедительнее.

Носители фамилии Каракотова в основном встречаются в Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии, что подтверждает её горское происхождение. Сословно предки могли быть как вольными общинниками, так и узденями (дворянами) — точных данных нет, но в регионе фамилии с «кара» нередко указывали на принадлежность к знатным родам. В целом, Каракотова — фамилия с прозрачной тюркской основой, но с неоднозначной концовкой, что делает её интересным объектом для локального исследования.