Фамилия Каракотин образована от прозвища Каракота, которое восходит к украинскому нарицательному «каракати», что в переводе на русский язык означает «короткие сапоги». Вероятно, таким прозвищем нарекли человека, который носил такие сапоги. Однако, не исключено, что прозвище Каракота относится к так называемым «профессиональным» именованиям, указывающим на род деятельности человека. Так, предок обладателя фамилии Каракотин мог заниматься изготовлением обуви. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Каракота, со временем получил фамилию Каракотин.