Фамилия Каракотин образована от прозвища Каракота. В основе лежит украинское слово «каракати» — короткие сапоги. Прозвище могло закрепиться за человеком, который такие сапоги носил, либо указывать на род занятий: предок Каракотиных мог быть сапожником или торговцем обувью.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Каракотин — «сын Каракоты». Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ на -а, -я. В отличие от более распространённых фамилий на -ов, этот суффикс встречается реже и часто указывает на южнорусское или украинское происхождение.

Само слово «каракати» — редкое и диалектное. В украинских говорах так называли не просто короткую обувь, а конкретный вид кожаных сапог с низким голенищем, которые носили в будни. Вероятно, прозвище Каракота давали либо человеку, который выделялся такой обувью среди односельчан, либо мастеру, который их шил.

Фамилия Каракотин встречается в основном в южных регионах России и на востоке Украины. Это согласуется с ареалом украинских говоров, где бытовало слово «каракати». В современных базах данных фамилия нечастотна, что подтверждает её диалектную основу и узкое территориальное распространение.