Фамилия Каракотина — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище, связанное с диалектным словом. Разбирать её проще всего с конца: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «Каракотин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Каракота. Женская форма Каракотина закрепилась в официальных документах, когда фамилии передавались по мужской линии, но в быту могли записать и по матери.

Самая вероятная версия отсылает к южнорусским и украинским говорам. Слово «каракота» или «корота» могло означать нечто короткое, обрубленное, а также человека низкого роста или с «коротким» нравом — вспыльчивого, резкого. В словаре Владимира Даля есть глагол «карачить» — пятиться задом, ползти на карачках, и «каракушка» — коротышка. Если прозвище Каракота дали человеку, который, например, ходил вперевалку или был приземистым, то фамилия получалась «говорящей» и очень конкретной.

Менее распространённая, но допустимая версия — связь с тюркскими языками, где «кара» значит «чёрный». В таком случае «кота» могло быть искажённым «кут» (счастье, благодать) или «кода» (родственник). Тогда Каракота — «чёрный родственник» или «чёрное счастье», что звучит как прозвище, данное с иронией. Однако эта гипотеза слабее: для тюркских заимствований в русских фамилиях типичнее основа «Кара» (Караев, Карамышев), а «Каракота» — редкое сочетание, которое проще объяснить из местной русской лексики.

Географически фамилия тяготеет к югу России — Курская, Белгородская, Воронежская области, а также к востоку Украины. В этих регионах диалектное слово «каракота» действительно встречается в значении «коротышка» или «нескладный человек». Сословно среди Каракотиных могли быть крестьяне или однодворцы — потомки служилых людей, охранявших южные границы. Но точных документальных подтверждений этому нет, и фамилия остаётся именно прозвищной, без связи с ремеслом или церковным именем.

В написании возможна путаница: вариант «Корота» (с буквой «о») встречается в украинских фамилиях Коротенко, Коротун. Но именно «Каракотина» с ударением на третьем слоге — «карако́тина» — закрепилась как русская фамилия. Сравнение с однокоренными фамилиями Караков, Каракулов не даёт ясной картины, так как у них другая морфология. Каракотина стоит особняком — короткая, звонкая и, судя по всему, описывающая внешность или характер своего первого носителя.