Фамилия Каракулькина — женская форма мужской фамилии Каракулькин. Её основа, на первый взгляд, очевидна: «каракуль» — название ценной шкурки ягнёнка. Однако прямой связи с торговлей мехом у этой фамилии может и не быть, и вот почему.

Слово «каракуль» (от тюркского «кара кюль» — «чёрное озеро») вошло в русский язык довольно поздно, в XIX веке, когда в Россию начали массово завозить шкурки из Средней Азии. Если бы фамилия образовалась от названия меха, мы бы встретили её в купеческой или ремесленной среде, но среди носителей Каракулькиных больше крестьян и однодворцев, особенно из южных регионов — Тамбовской, Рязанской, Воронежской губерний.

Гораздо вероятнее, что в основе лежит дохристианское имя или прозвище Каракулька. В русских говорах «каракуль» или «каракулек» могло означать нечто чёрное, кудрявое или курчавое — так могли назвать человека с тёмными вьющимися волосами. В ономастической литературе (например, в работе В. А. Никонова) не раз отмечалось, что фамилии на «-кулька» часто происходят от прозвищ, связанных с внешностью или повадками, а не с прямым значением корня.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей сын?» — Каракулькин, то есть сын Каракульки. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а/-я. Таким образом, фамилия Каракулькина означает «принадлежащая роду Каракулькиных», а её родоначальник, скорее всего, получил прозвище Каракулька за кудрявую шевелюру или смуглый цвет лица.

Редкость фамилии объясняется тем, что прозвище Каракулька не было массовым. Встречаются и варианты написания через «о» — Короколькин, что подтверждает народное переосмысление неясного корня. В дореволюционных метрических книгах Каракулькины чаще всего записаны как государственные крестьяне, а не дворяне или купцы, что тоже говорит в пользу версии о прозвище, а не о профессиональном занятии мехом.