Фамилия Карамушкин в своей основе содержит арабское мужское имя Карам, которое переводится как «щедрость» и «великодушие». От этого имени образовали уменьшительно-ласкательную форму Карамушка — так на Руси могли ласково называть ребенка, желая ему вырасти добрым, справедливым и бескорыстным человеком. Уменьшительный суффикс -ушк- (как в словах «дедушка» или «головушка») придавал имени оттенок теплоты и родственной близости. Затем к основе Карамушк- добавили типичный русский фамильный суффикс -ин, который указывает на принадлежность: Карамушкин буквально значит «сын Карамушки» или «из рода Карамушки».

Интересно, что в русской ономастике фамилии на -ин обычно образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я. Форма Карамушка как раз подходит под эту модель, что говорит о том, что фамилия формировалась в бытовой, устной среде, а не через книжную или церковную традицию. Само имя Карам (и его производные) встречается у народов, исповедующих ислам, поэтому можно предположить, что предки Карамушкиных могли иметь тюркские или кавказские корни, но со временем фамилия полностью обрусела и закрепилась в русском именослове.

В отличие от многих фамилий, образованных от прозвищ или профессий, Карамушкин несёт в себе пожелание нравственного качества. Это редкий случай, когда в основе лежит не внешность, не занятие и не место жительства, а черта характера, которую родители хотели видеть в своём сыне.