Фамилия Карамушкина — женская форма, исходная мужская — Карамушкин. Образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин: от прозвища или имени, оканчивающегося на -а/-я. В основе лежит слово «карамушка», а вот его значение неочевидно и заставляет задуматься.

Самая вероятная версия — тюркское происхождение. В тюркских языках «кара» означает «черный», «темный», а «муш» или «мушка» может восходить к слову со значением «пятно», «родинка», «метка». Тогда Карамушка — человек с темной родинкой или отметиной, либо прозвище по смуглой коже. Такая модель (кара + что-то) очень типична для тюркских прозвищ, которые затем русифицировались. В Поволжье и Приуралье, где веками жили бок о бок русские и тюркские народы, много фамилий с корнем «кара»: Карамзин, Каратаев, Карамышев. Карамушкин стоит в том же ряду.

Менее убедительная, но возможная версия — связь с диалектным русским словом. В некоторых говорах «карамушка» могли называть какой-то предмет утвари или одежды, но зафиксированных значений в словарях нет. Гипотеза о происхождении от имени Карамыш (тюркское имя, означающее «черный кот» или «темный») выглядит правдоподобнее: суффикс -ин легко присоединился бы к основе «Карамыш», дав фамилию Карамышин, но форма Карамушкин предполагает исходное «Карамушка» — уменьшительное или переоформленное «Карамыш».

Социальный статус первых носителей, скорее всего, был крестьянским или мещанским. Фамилии на -ин в массе своей принадлежали непривилегированным слоям, а тюркские корни указывают на возможное происхождение от служилых татар, которые после завоевания Казанского ханства переходили на русскую службу и получали земельные наделы, но со временем сливались с крестьянством. Точных сведений о географии фамилии Карамушкина в открытых источниках мало, но логично предполагать ее концентрацию в регионах бывшего Казанского ханства, а также в Оренбуржье и Башкирии.

В целом, Карамушкина — фамилия с тюркским следом, не слишком частотная, но крепко вписавшаяся в русскую ономастику через суффикс -ин. Ее носительница может с высокой долей вероятности считать, что ее предок получил прозвище по внешнему признаку — темной отметине или смуглости, что было характерно для многонациональной окраины России.