Фамилия Каратуновы (в мужском роде — Каратунов) происходит от прозвища Каратун, которое уходит корнями в тюркские языки. Слово «каратун» многозначно, и, в зависимости от региона, за ним стоят совершенно разные смыслы. Самая прямая версия связывает прозвище с этнонимом: так называли представителя тюркского рода каратун кыпсак. В этом случае Каратун — указание на племенную принадлежность предка.

Однако на Востоке, в частности в Закавказье, каратунами (от тюркского «каратун» — буквально «черноризец») называли индийцев-огнепоклонников, живших в Баку. Это прозвище могло закрепиться за человеком с тёмным цветом одежды или смуглой кожей, либо за тем, кто исповедовал иноземную, «огненную» веру.

Совершенно иное значение — в Болгарии. Там слово «каратун» означало «крестоносец» или «христианский фанатик». Если предки носителей фамилии были выходцами с Балкан, прозвище могло отражать их религиозную ревность: так могли прозвать человека, яростно отстаивавшего христианскую веру.

Таким образом, фамилия Каратуновы — не просто «восточный» памятник, а сложный ономастический случай, где за одним звучанием скрываются три разных культурных пласта: тюркский род, бакинские огнепоклонники и балканские крестоносцы. Какую из версий считать основной для конкретной семьи, можно установить только через генеалогическое исследование: анализ географии расселения, архивных записей и сословной принадлежности предков. Без этого любое предположение останется лишь гипотезой.