Фамилия Какатунов — редкий пример фамилии, образованной от прозвища, которое не связано ни с птицами, ни с чем-то неприличным, как может показаться на первый взгляд. В основе лежит древнерусское слово «какатун» — так в некоторых говорах называли того, кто какает, то есть пачкает, марает, или же просто неряху, грязнулю. В словаре Даля зафиксирован глагол «какать» в значении «пачкать, марать», а прозвище Какатун мог получить неопрятный человек или, реже, ребенок, который часто пачкал одежду.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ун в русских прозвищах обозначает деятеля по характерному действию (ср. Болтун, Ворчун, Говорун). От прозвища Какатун по стандартной патронимической модели XIX века образовалась фамилия Какатунов — «сын Какатуна». Суффикс -ов указывает на принадлежность, как в подавляющем большинстве русских фамилий.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным губерниям России, где диалектное слово «какатун» бытовало чаще. Встречается она крайне редко: по данным современных баз, носителей Какатуновых в России не более нескольких сотен, и основная масса сосредоточена в Архангельской, Вологодской и Кировской областях.

Сословного барьера у фамилии не было: прозвище Какатун мог получить и крестьянин, и мещанин, и даже священник (в быту, не в официальных документах). Однако из-за неблагозвучности для уха XIX века часть носителей могла сменить фамилию или изменить её на более благоприятную, например, Какатунов → Какунов или Катонов, что объясняет её редкость.

Единственная альтернативная версия — связь с тюркским словом «кака» (брат, старший родственник) плюс уменьшительный суффикс, но она маловероятна: суффикс -ун нехарактерен для тюркских заимствований в русских фамилиях, и фамилия не встречается в регионах с сильным тюркским влиянием.

Таким образом, Какатунов — честная бытовая фамилия, прямо указывающая на прозвище предка, которое звучало грубовато, но без злого умысла, а лишь констатировало его неопрятность.