Фамилия Какатунова — редкий случай, где основа звучит почти как звукоподражание, но на деле имеет совершенно конкретное и бытовое происхождение. Её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса: женская форма на -а указывает, что перед нами вариант от мужской фамилии Какатунов, которая образована по стандартной русской модели «прозвище + -ов». То есть предок носителя этой фамилии по мужской линии был Какатуном.

Само прозвище Какатун, скорее всего, связано с глаголом «какать» — в древнерусском и диалектах это слово означало не только детское «испражняться», но и «пачкать», «марать». В ономастике такие «физиологические» прозвища не редкость: они могли даваться людям не в качестве оскорбления, а по реальным особенностям поведения или работы. Например, Какатуном могли назвать неопрятного человека, ребёнка, который часто пачкал одежду, или, что вероятнее, взрослого, чья профессия была связана с грязью — золотаря (ассенизатора), кожевника, красильщика. Работа с нечистотами или красителями оставляла следы, и это становилось отличительной чертой.

Другая, более узкая версия отсылает к диалектному слову «какать» в значении «плакать» или «кричать» (сравните с «кукушка» или детским «кака» как звук плача). Тогда Какатун — крикливый, плаксивый человек, возможно, младенец или капризный взрослый. Эта гипотеза слабее, так как для «плаксы» в русских говорах больше распространены прозвища вроде Рёва, Плакса, а «какатун» нигде не зафиксирован как устойчивое обозначение плача.

Фамилия очень редкая. Встречается преимущественно на юге России и в Поволжье, что может указывать на её позднее закрепление в крестьянской среде после отмены крепостного права, когда бывшие помещичьи крестьяне массово получали фамилии по прозвищам. Суффикс -ун в основе (Какат-ун) характерен для прозвищ, обозначающих деятеля по характерному действию (говорун, ворчун, молчун). Таким образом, Какатунов — это потомок человека, которого в деревне запомнили либо по его нечистоплотности, либо по грязной работе.