Фамилия Каратуша — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней нет привычного русского суффикса -ов или -ин, что сразу указывает на иной, невеликорусский путь образования. Скорее всего, перед нами украинская или белорусская фамилия, где суффикс -уша (-уша) служит уменьшительно-ласкательным или пренебрежительным формантом, как в словах «матуша», «бабуша» или фамилиях Крикуша, Говоруша.

Корень «карат» — самый спорный и интересный элемент. Первая и наиболее вероятная версия отсылает к тюркскому «кара» — «чёрный». В таком случае Каратуша может означать «черноухий» (кара + кулак/кулаш — ухо) или «черный, смуглый человек» (кара + туш — вид, облик). Это объяснимо: на южных и восточных территориях, где русские соседствовали с тюрками, прозвища по цвету волос или кожи были распространены. Вторая версия, менее правдоподобная, связывает основу с глаголом «карать» (наказывать), но тогда логичнее была бы форма «Каратуша» как «тот, кто карает», что для прозвища слишком книжно.

Словообразовательная модель с суффиксом -уша характерна для прозвищ, которые давали по внешнему признаку или поведению. Таким образом, предок носителя фамилии Каратуша, вероятно, был прозван за смуглую кожу или тёмные волосы, а затем это прозвище закрепилось за его потомками. Географически фамилия встречается в основном на Украине, в южных областях России и в Белоруссии, что подтверждает её западнорусские и степные корни. В сословном плане Каратуши, скорее всего, относились к казачеству или крестьянству, так как прозвищные фамилии без дворянских суффиксов редко встречались в высших слоях общества.