Фамилия Каратушин — яркий пример того, как прозвище закрепилось в родовом имени через характерную для южнорусских и украинских земель модель. В её основе лежит прозвище Каратуш, которое, скорее всего, связано с диалектным южнорусским и украинским словом «каратуз». Так в некоторых говорах называли низкорослого, коренастого человека, крепыша. Второе значение — короткая верхняя одежда, род кафтана или зипуна, так что прозвище могло закрепиться и за портным, шившим такую одежду, или за человеком, который её постоянно носил.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Если бы фамилия происходила напрямую от прозвища Каратуз, мы бы получили Каратузов. Форма Каратушин указывает на суффикс -ин, который обычно присоединяют к основам на -а/-я (Кузьма — Кузьмин, Гаврила — Гаврилин). Но здесь основа — Каратуш, что говорит о том, что исходное прозвище звучало именно как Каратуш, а не Каратуз. Это мог быть результат местного фонетического смягчения или вариант произношения. В украинском языке, где фамилия встречается чаще, оглушение конечного звонкого согласного — обычное дело, поэтому «Каратуз» в речи легко превращался в «Каратуш».

По географии фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины. Встречается в Воронежской, Ростовской областях, а также в Краснодарском крае и на Кубани. Это логично: именно в этих регионах слово «каратуз» было в ходу, а суффикс -ин при образовании фамилий от прозвищ на согласный — явление хотя и редкое, но встречающееся в тех же местах (сравните: Костюшин, Панюшин).

Версия о связи с тюркским «кара» (чёрный) маловероятна. В таких случаях фамилии обычно образуются по другой модели (Караев, Каратаев), и добавочный элемент «туш» не имеет убедительного тюркского объяснения. Поэтому основная и самая правдоподобная версия — прозвище по внешности или одежде, закрепившееся в форме Каратуш.