Фамилия Каратушина — женская форма, мужская — Каратушин. Её основа, скорее всего, не связана с привычными славянскими корнями, а указывает на тюркское происхождение. Первое, что бросается в глаза: в основе лежит слово «кара» — «чёрный» в большинстве тюркских языков. Вторая часть, «туш», может означать «сон», «видение» или, в некоторых диалектах, «подобие», «похожий». Таким образом, исходное прозвище Каратуш (или Каратуш) могло значить «чёрный сон» или «тёмное видение» — так в народе могли прозвать человека с очень смуглой кожей, угрюмым нравом или, напротив, того, кто рассказывал страшные истории.

Однако есть и другая, более бытовая версия. В южнорусских и украинских говорах слово «туша» имеет значение «туловище», «корпус». Если принять эту версию, «Каратуш» — это прозвище крупного, грузного человека с тёмными волосами или смуглой кожей. Суффикс -ин (в женской форме -ина) указывает на принадлежность: «чей?» — Каратушин, то есть сын или потомок Каратуша. Такая модель образования типична для русских фамилий, возникших из прозвищ, и говорит о том, что фамилия сложилась в среде, где русский язык активно взаимодействовал с тюркскими наречиями — скорее всего, в регионах Поволжья, Приуралья или на южных окраинах России.

Фамилия довольно редкая. Встречается в основном в Волгоградской, Ростовской областях и в Ставропольском крае — то есть в зоне бывшего расселения казачества и смешанного славяно-тюркского населения. В дореволюционных источниках носители фамилии Каратушины числились в основном среди государственных крестьян и мещан. Никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её «прозвищное» происхождение: она возникла в народной среде, а не в канцеляриях.

Есть ещё одна, менее очевидная версия: в некоторых тюркских языках «туш» означает «знамя», «стяг». Тогда «Каратуш» — это «чёрное знамя». Такое прозвище мог получить человек, служивший в отряде с чёрным знаменем, или же это было иносказательное прозвище бунтаря, разбойника. Но эта гипотеза менее надёжна, так как в русских говорах слово «туш» в значении «знамя» не закрепилось, и фамилия вряд ли могла образоваться напрямую от него без посредничества прозвища.

Сравните с однокоренными фамилиями: Каратаев (от «кара тай» — «чёрный жеребёнок»), Карамышев (от «карамыш» — «чёрный котёнок»), Караулов (от «караул»). Все они построены по схожей модели и указывают на тот же регион происхождения. Каратушин стоит в этом ряду особняком из-за неочевидной второй части, что делает его особенно интересным для лингвистического разбора.