Фамилия Карбаинова — это отчество второго порядка: Карбаинова — дочь Карбаина, внучка Карбая. Она восходит к тюркско-татарско-башкирскому мужскому имени Карабай, которое означает «сильный, грозный, богатый, главный господин» или «чёрный (смуглый) мальчик». Таким образом, выбор родителями этого имени могло быть мотивирован пожеланием ребёнку благоприятной жизни или же имя просто указывало на внешние особенности новорождённого. Выпадение второго гласного «а» стало результатом исторических изменений в фонетическом и графическом облике фамилии. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Карбаиновых можно лишь на основании генеалогических исследований.