Фамилия Карфоян — одна из тех, что не встречается в старых русских переписных книгах, но прочно обосновалась в современной России. Её происхождение однозначно указывает на армянские корни: характерный суффикс -ян (в более ранней транскрипции -янц) означает «из рода такого-то» или «принадлежащий». Если отбросить этот родовой показатель, остаётся основа «Карфо», которую и нужно расшифровывать.

Скорее всего, в основе лежит армянское слово «карф» (գարֆ) — «ячмень». В таком случае Карфоян — это фамилия, образованная от прозвища или профессии предка: либо его называли «Ячмень» (возможно, за цвет волос, невысокий рост или любовь к ячменной каше), либо он занимался выращиванием или торговлей ячменём. В армянской ономастике это типичная модель, когда род занятий или характерная черта закреплялась в фамилии — например, аналогично русским фамилиям Пшеницын или Овсяников.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с топонимом. В исторической Армении существовали поселения с похожими названиями (например, Карф или Карфаван), и выходец оттуда мог получить фамилию Карфоян, то есть «прибывший из Карфа». Однако в таком случае обычно сохраняется более прозрачная географическая привязка, а «карф» как нарицательное слово встречается чаще.

С точки зрения распространения, фамилия редкая. В России она встречается в основном в регионах с армянскими диаспорами: в Краснодарском крае, Ростовской области, Москве и Подмосковье. В самой Армении фамилия Карфоян тоже нечастотна, что говорит о возможном происхождении из западноармянской среды (территории современной Турции) — после геноцида 1915 года многие носители таких фамилий рассеялись по миру и попали в Россию.

Написание фамилии устойчивое: через «о» в середине и твёрдое окончание «-ян». Вариант «Карфоянц» встречается, но реже — это более старая форма, характерная для донских и кубанских армян. Носители фамилии, как правило, не имеют отношения к дворянству или купечеству: это потомки крестьян или ремесленников, которые получили фамилию по прозвищу или месту жительства в XIX веке, когда армянские фамилии массово оформлялись в Российской империи.