Фамилия Карпоян — яркий пример армянской модели образования фамилий, которая почти не встречается у других народов. Её основа — личное имя Карп, а суффикс -ян указывает на происхождение от предка с таким именем. В армянской ономастике -ян (в старых вариантах -янц) означает «принадлежащий к роду» или «потомок». Буквально Карпоян — «из рода Карпа», «Карпов сын».

Имя Карп в основе фамилии — не русское, а древнегреческое. Оно восходит к слову karpos, что переводится как «плод». В христианской традиции это имя носил апостол от семидесяти Карп, которого упоминает апостол Павел во Втором послании к Тимофею. Имя было распространено у византийских греков, а от них перешло к армянам и другим народам Восточной Европы. В Армении имя Карп (иногда в форме Карпис) встречалось довольно часто, особенно среди духовенства и торговых людей.

Интересная деталь: в русской среде фамилия Карпов образована от того же имени, но по другой модели — с суффиксом -ов. Карпоян же сохраняет армянский способ передачи родства. Если встретить человека с фамилией Карпоян, можно с большой вероятностью предположить, что его предки жили в исторической Армении или в армянских общинах Турции, Ирана, а позже — в диаспоре. Массовый отток армян в Российскую империю в XIX веке привёл к появлению таких фамилий в Закавказье, на Кубани, в Ростовской области.

Одно из редких написаний — Карпоянц, с сохранившимся древним суффиксом -янц. Встречаются и варианты Карпян, Карпаян — они возникали из-за местных диалектных произношений или ошибок при записи в паспортных столах. Но классическая форма — именно Карпоян, с полной основой имени Карп и суффиксом -оян, где соединительная гласная «о» упрощает произношение.