Фамилия Карханина — женская форма, в мужском варианте звучит как Карханин. Она имеет явные признаки тюркского происхождения, что роднит её с целым рядом известных русских фамилий, таких как Тургенев (от прозвища Турген — «быстрый, скорый»), Аксаков (от Аксак — «хромой») или Булгаков (от Булгак — «беспокойный»). В основе фамилии лежит тюркское слово «кархан» или «каргана», которое в разных диалектах означает «караван», «торговый обоз» или «караван-сарай» (постоялый двор для купцов). Таким образом, прозвище Кархан могли дать человеку, связанному с торговлей, перевозкой товаров или содержанием постоялого двора: купцу, извозчику, владельцу караван-сарая.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Карханин — «сын Кархана», «из рода Кархана». Словообразовательная модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и личных имён: если основа оканчивается на -а или согласный, добавляется суффикс -ин (ср. Пушкин, Бородин). В данном случае основа «Кархан» дала форму Карханин, а не Карханов, что говорит о древности фамилии — такие формы чаще встречаются в северных и центральных регионах России.

География фамилии сосредоточена в Поволжье и на Урале, где исторически были сильны тюркско-русские контакты. Встречается она и у старообрядцев, что может указывать на давнее бытование. Сословно предки носителей фамилии могли быть как торговыми людьми, так и крестьянами, получившими прозвище за занятие извозом. Интересная деталь: в некоторых говорах «кархан» означало не только караван, но и шум, гам, суету — возможно, прозвище закрепилось за суетливым или громким человеком, но эта версия менее вероятна, так как основное значение связано с торговлей и дорогой.