Фамилия Карлыгановы происходит от тюркского прозвища Карлыган. В основе лежит татарское слово «карлыган», что значит «смородина». Так могли прозвать человека, который жил в местах, где росло много смородины, или занимался её сбором и продажей.

Слово «карлыган» встречается и в топонимике. В Краснодарском крае есть горный хребет Карлыган. Возможно, основатель рода был уроженцем тех мест и получил прозвище по названию местности. Обе версии — и «ягодная», и «географическая» — правдоподобны, и обе ведут к тюркскому корню.

Модель образования фамилии простая: к основе Карлыган добавили типичный русский патронимический суффикс -ов. Так что Карлыгановы — это буквально «дети или потомки Карлыгана». Фамилия относится к распространённому типу древних восточных фамилий, которые русифицировали через добавление славянских окончаний.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования фамилий у разных народов шёл долго и неравномерно. Но ясно одно: фамилия Карлыгановы — памятник тюркской лексики и культуры, сохранившийся в русской фамильной традиции.