Фамилия Карлыганов имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркского прозвища Карлыган. Фамилия Карлыганов ведет свое начало от татарского слова «карлыган», которое в переводе на русский язык означает «смородина». Вполне возможно, что именно это существительное легло в основу названия горного хребта Карлыган, расположенного в Краснодарском крае. Вполне вероятно, что основатель рода Карлыгановых был уроженцем тех мест, за что и получил прозвище Карлыган.