Фамилия Карпегина образована от имени Карпега — уменьшительной или производной формы крестильного имени Карп. Греческое слово «карпос» означает «плод» или «приносить пользу», так что в основе лежит христианская традиция именования. Однако есть и вторая, менее вероятная версия: имя могли дать по названию рыбы карп. В народной среде такие «рыбные» имена встречались, и родители наделяли ими детей, чтобы природа приняла ребёнка как своего и передала ему полезные качества этой рыбы. Какой из двух путей привёл к появлению фамилии — сказать сложно, но обе гипотезы объясняют её происхождение без натяжек. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Карпегина — «дочь или жена Карпеги». По модели образования фамилия типична для северных и центральных регионов России, где -ин так же распространён, как -ов на юге. Среди однокоренных фамилий — Карпов, Карпович, Карпенко, но Карпегина стоит особняком: редкая форма имени дала и редкую фамилию.