Фамилия Карпегин — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от множества фамилий на -ин, образованных от крестильных имён (Иван — Иванов, Пётр — Петров), здесь нет прямого и очевидного соответствия в святцах. Поэтому разбирать её логичнее всего через прозвище или диалектное слово.

Основа фамилии — «Карпега». Это слово не встречается в литературном русском языке, но в северных и сибирских говорах «карпега» или «карпежка» могло означать нечто маленькое, невзрачное, скрюченное. Есть версия, что это вариант слова «корпега» — от глагола «корпеть» (сидеть согнувшись, усердно работать). Человека, который постоянно горбился за работой или был низкорослым и сутулым, в народе могли прозвать Карпегой. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Карпеги» или «из семьи Карпеги».

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с именем Карп. Карп — это рыба и одновременно каноническое имя (святой Карп, апостол от семидесяти). Уменьшительная форма от Карпа — Карпега (по аналогии: Сергей — Серёга, Карп — Карпега). Тогда фамилия означала бы «сын Карпа», но с характерным для северных и вологодских говоров окончанием -егин вместо более привычного -ин. В этом случае Карпегин — диалектный вариант фамилии Карпов, но с другим суффиксом.

Географически фамилия тяготеет к Вологодской, Архангельской областям и Пермскому краю. Там фиксируются ранние упоминания крестьян и посадских людей с такой фамилией. Сословно — это почти наверняка крестьянская среда, где прозвища цеплялись намертво и передавались детям. Никакой аристократической подоплёки у Карпегиных нет, что типично для фамилий на -егин, образованных от бытовых прозвищ.

Таким образом, носитель фамилии Карпегин, скорее всего, потомок человека по прозвищу Карпега — либо усердного, но невидного работника, либо просто низкорослого человека. В любом случае, фамилия звучит по-русски основательно и несёт в себе отпечаток народной наблюдательности.