Фамилия Карпейкина образована от уменьшительной формы имени Карп. В основе лежит греческое слово «karpos», которое переводится как «плод» или «приносить пользу». Имя Карп пришло на Русь с христианством и встречалось в святцах, поэтому его производные получили широкое распространение. Карпейка — это ласкательный, домашний вариант, который в быту использовали для обращения к человеку по имени Карп. Со временем прозвище или неофициальное имя Карпейка закрепилось за потомком: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Карпейкин), а окончание -а — на женскую форму фамилии, которая закрепилась в документах.

Интересно, что фамилия Карпейкина встречается реже, чем более распространённые Карпов или Карпушкин. Это говорит о том, что исходная форма Карпейка бытовала в определённых говорах или в отдельных семьях, где имя Карп передавалось из поколения в поколение. По модели образования фамилия типична для северных и центральных регионов России, где суффикс -ин использовали для фамилий от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Таким образом, предки носительницы фамилии могли быть крестьянами или посадскими людьми, которых в быту звали не полным именем, а уменьшительным — Карпейка.