Фамилия Капейкин — одна из тех, что звучат почти как псевдоним, но образовалась по самой что ни на есть бытовой причине. Её основа — слово «копейка», но с характерным для северных и сибирских говоров аканьем: «капейка». В старину так называли мелкую монету, а прозвище Капейка могли дать человеку прижимистому, скупому, считающему каждую копейку, либо, наоборот, тому, кто платил или брал самую малость.

Модель образования проста: прозвище Капейка плюс притяжательный суффикс -ин, типичный для русских фамилий второй половины XVI–XVII веков. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Капейкин, то есть сын или потомок Капейки. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от названий профессий или животных, -ин закреплялся за основами на -а/-я, так что Капейкин стоит в одном ряду с Пушкиным, Репиным или Козьминым.

Встречается фамилия в основном в старообрядческих и крестьянских семьях Русского Севера и Поволжья. По данным переписей XIX века, Капейкины селились в Архангельской, Вологодской и Вятской губерниях — как раз там, где аканье проникало в письменную речь, а прозвища от денежных единиц были в ходу. В других регионах ту же основу могли записать как «Копейкин», но написание с буквой «а» выдаёт диалектную подоплёку.

Ошибочно связывать фамилию с фамилией литературного персонажа Чичикова — того звали Плюшкин, а не Капейкин. Впрочем, в русской словесности есть знаменитый герой с похожей фамилией: капитан Копейкин из «Мёртвых душ» Гоголя. Но это уже литературная игра, а не этимология. Реальный Капейкин — это, скорее всего, потомок крестьянина, которого в деревне дразнили за бережливость или за то, что он расплачивался самой мелкой монетой.