Фамилия Карпеюс — редкий пример фамилии, образованной по латинской модели. Её основа — именование Карпей, которое, в свою очередь, восходит либо к греческому имени Карп (от слова «карпос» — плод), либо к названию рыбы карп. Но ключевая особенность здесь не в корне, а в окончании: суффикс -ус (в латинском написании -us) — типичный для семинарских фамилий, которые в XVIII-XIX веках искусственно создавали из русских или греческих основ, чтобы придать им «учёное» звучание. Такие фамилии давали выпускникам духовных училищ и семинарий, и Карпеюс — один из таких случаев.

Сравните с более известными семинарскими фамилиями: Сперанский (от лат. spero — надеюсь), Бенедиктов (от лат. benedictus — благословенный), или просто Кутейкин (от «кутья»). Карпеюс стоит в этом же ряду, но с одной оговоркой: основа Карпей — не латинская, а народная, греческая или русская. Это говорит о том, что фамилию могли дать по имени отца (Карпей — народная форма от Карп) или по прозвищу, но с обязательной «латинизацией» для приличия. Таким образом, носитель фамилии Карпеюс, скорее всего, происходил из духовного сословия, а его предок был либо Карпом (по имени), либо Карпеем (по прозвищу, возможно, от рыбака или торговца рыбой).

Географически такие фамилии чаще всего встречались на территории бывшей Российской империи, особенно в центральных губерниях и на Украине, где семинарские школы были распространены. Однокоренные фамилии — Карпов, Карпей, Карпенко — более массовые и бытовые, а Карпеюс — книжный, «учёный» вариант. Поскольку фамилия очень редкая, её носители, вероятно, были немногочисленны и связаны с церковной или преподавательской средой. Никаких широко известных исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, что только подтверждает её локальный, элитарно-сословный характер.