Фамилия Кашкулин — из тех, что звучат по-тюркски, но закрепились в русской среде. Её основа — тюркское слово «кашка» (или «кашкул»), которое в разных диалектах означает белую отметину на лбу у лошади или коровы. В переносном смысле так могли прозвать человека со светлой прядью волос, родимым пятном на лбу или просто с заметной внешней приметой. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Кашкулин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Кашкула.

В русской ономастике модель на -ин характерна для фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а, -я. Кашкула — это и есть исходное прозвище, которое затем адаптировалось в фамилию. Встречается и вариант Кашкалин — от «кашка» без суффикса -ул, но Кашкулин звучит как более полная, диалектная форма. В словаре тюркизмов «кашка» (кашкул) фиксируется в башкирском, татарском и казахском языках, поэтому географически фамилия могла возникнуть в регионах с сильным татарским или башкирским влиянием: в Оренбуржье, на Урале, в Поволжье.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с топонимом Кашкул (название села или речки). В таком случае фамилия означала бы выходца из этого места. Однако для русских фамилий модель «топоним + -ин» встречается реже, чем прозвищная, и обычно требует ударения на последний слог (Кашку́лин), тогда как прозвищная фамилия чаще произносится с ударением на первый (Ка́шкулин). Поскольку в быту носители фамилии произносят её по-разному, однозначного ответа нет.

Социальный состав носителей фамилии, судя по архивным данным XIX века, — в основном крестьяне и однодворцы южных уездов России. Известных деятелей культуры или науки с фамилией Кашкулин не прослеживается, что типично для фамилий, не попавших в дворянские родословные книги. В советское время фамилия не исчезла, но осталась малочисленной: по переписям, в России её носят несколько сотен человек, преимущественно в Челябинской и Оренбургской областях.