Фамилия Какулин образована от прозвища Какула, а то, в свою очередь, — от тюркско-монгольского слова «какул». Означало оно «хохол» или «чуб»: особый вид причёски, при которой волосы собирали на макушке в пучок и закручивали. Прозвище, скорее всего, указывало на внешность — человек носил такую причёску или выделялся каким-то заметным вихром на голове.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Какулин, то есть сын или потомок Какулы. Это типичная патронимическая модель для русских фамилий, образованных от прозвищ, имён или названий, оканчивающихся на -а/-я. В данном случае основа тюркская, а суффикс русский — пример того, как разные языковые традиции соединялись на территории России.

Слово «какул» встречается в тюркских языках (например, в казахском, татарском, башкирском) и родственно монгольскому «какул» с тем же значением. В некоторых говорах так называли не только чуб, но и косичку или прядь, оставленную на выбритом черепе. Поскольку такая причёска была характерна для кочевых народов, можно предположить, что прозвище Какула давали человеку, который либо сам был тюркского происхождения, либо перенял соответствующую манеру носить волосы.

Географически фамилия Какулин встречается в Поволжье, на Урале и в Сибири — регионах, где исторически плотно контактировали русские и тюркские народы. Встречаются варианты написания с одной «л» (Какулин), что соответствует исходному корню, а не случайное удвоение.

Альтернативная версия связывает фамилию с диалектным русским словом «какула» — так в некоторых говорах называли лягушку или черепаху. Но эта гипотеза менее убедительна: во-первых, слово редкое и локальное, во-вторых, тюркская этимология объясняет форму прозвища проще и логичнее, опираясь на широко распространённый корень.

Таким образом, Какулин — фамилия, которая с большой вероятностью восходит к внешнему признаку (особой причёске) и несёт следы тюркского влияния на русскую антропонимику. Встретить её можно в основном в зонах смешанного расселения, а по социальному составу предки носителя могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми — прозвища такого типа не привязаны к одному сословию.