Фамилия Какулова — редкий пример, где суффикс -ов- прирос к основе, которая сама по себе звучит как фамилия. В русском языке фамилии на -ов/-ев образуются от имен или прозвищ, оканчивающихся на согласный или -о. Но здесь мы видим основу «Какул», которая выглядит как тюркское имя или прозвище, а не как славянское слово. Поэтому разговор о происхождении надо начинать с корня.

Самая вероятная версия — тюркская. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) слово «какул» или «кэкул» означает «чуб», «хохол» или «прядь волос», которую оставляли на бритой голове. Это был распространенный элемент прически у кочевых народов, и прозвище «Какул» могли дать человеку с заметным чубом или кудрявой прядью. Такие прозвища часто становились фамилиями, когда фиксировались в документах.

Менее вероятна, но возможна связь с именем Какула — уменьшительной формой от крестильного имени Акакий (от греч. «незлобивый») или от имени Капитон. В русских говорах такие сокращения встречались, но фамилия тогда должна была бы писаться через «а» после «к» — Какулин, а не Какулов. Суффикс -ов указывает на притяжательность: «чей?» — Какулов, то есть сын или потомок человека по прозвищу Какул.

Женская форма Какулова — это грамматическая норма, она не меняет этимологии. Фамилия встречается в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает тюркскую версию: именно в этих регионах русские фамилии часто вбирали тюркские корни. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования от тюркских прозвищ описаны как типичные для восточных территорий России.

Вторая версия, которую иногда выдвигают, — от названия птицы «какула» (диалектное название кукушки в некоторых сибирских говорах). Но это слово редкое и локальное, а прозвища от птиц обычно давали по поведению или голосу. Учитывая, что «Какулов» не фиксируется как прозвище птицы, а «какул» как чуб — известный антропоним у башкир и татар, первая версия выглядит убедительнее.