Фамилия Кацекин — редкая и неочевидная. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать словообразовательную модель. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Кацекин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Кацека. Основа здесь — Кацек-, и именно она вызывает вопросы.

Самая вероятная версия: фамилия образована от прозвища Кацек — уменьшительной формы от слова «кацап». В украинском, белорусском и польском языках так (часто с пренебрежительным оттенком) называли великороссов, особенно выходцев из центральных областей. Суффикс -ек придаёт прозвищу уменьшительно-ласкательное или ироничное звучание. Таким образом, Кацекин — это «сын Кацека», то есть потомок человека, которого за характерный говор или происхождение прозвали «кацапёнком» или «маленьким кацапом».

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с фамилией Кац (еврейская фамилия, аббревиатура «коэн-цедек» — праведный священник). В таком случае Кацекин могло возникнуть как русифицированная форма с добавлением русского суффикса -ин и, возможно, промежуточного суффикса -ек-, но это уже натяжка: для еврейских фамилий типичнее суффиксы -ович, -зон или окончания на -ер, -ман. Вариант с «кацапом» намного органичнее для русской ономастики.

Географически фамилия Кацекин встречается спорадически, без ярко выраженного гнезда. Её носители могли жить на южнорусских или украинских территориях, где прозвище «кацап» было в ходу, а затем переселиться в центральные губернии. Сословно — скорее всего, крестьяне или мещане: прозвища такого типа редко давали дворянам.

Однокоренных фамилий немного: Кацапов, Кацапенко, Кацапкин. Кацекин стоит особняком из-за редкого уменьшительного суффикса -ек в основе, что делает её не просто производной от этнонима, а личным, почти семейным прозвищем.