Фамилия Каябардин — редкий случай, когда географический корень почти наверняка перевешивает личное прозвище. Основа фамилии — топоним Каябарда (или Кая-Барда). Вероятнее всего, это название населённого пункта на Северном Кавказе, в регионе исторической Кабарды. Первая часть «Кая» — тюркское «скала, утёс», вторая — прямая отсылка к Кабарде. Таким образом, исходное значение — «человек из Каябарды», то есть из каменистой или скалистой местности в пределах Кабарды.

Суффикс -ин указывает на модель образования «от названия места + -ин», типичную для русских фамилий, которые давали переселенцам или выходцам из определённой местности: Каябардин — «сын (потомок) того, кто из Каябарды». Фамилия могла закрепиться за русским или обрусевшим казаком, который нёс службу на Кавказской линии и получил прозвание по месту жительства или службы. В пользу этого говорит и окончание -дин, а не, скажем, -ов — в среде терских и кубанских казаков такие фамилии на -ин от местных названий не редкость.

Менее вероятна, но возможна версия от прозвища Каябарда. В тюркских языках «кая» (кайа) — скала, а «барда» может быть искажением «берде» (удар, бить) или вариантом «барды» (есть, имеется). Тогда прозвище могло означать «каменный удар» или «скала есть» — что-то вроде характеристики крепкого, несгибаемого человека. Но эта гипотеза слабее топонимической, так как не объясняет, почему прозвище вдруг оказалось привязано к конкретному кавказскому региону.

Фамилия очень редкая. Встречается преимущественно в южных регионах России и на Северном Кавказе, что подтверждает её местное происхождение. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках она почти не фиксируется — возможно, из-за малочисленности носителей или позднего формирования (XIX век). В отличие от массовых фамилий на -ов, Каябардин сохраняет прямую связь с географией и историей освоения Кавказа.