Фамилия Кайханов — редкая, и её разбор требует внимания к корню. В отличие от множества фамилий на -ов, образованных от крестильных имён, здесь основа неочевидна и, скорее всего, тюркская. Суффикс -ов указывает на русскую модель оформления фамилии, но сама база «Кайхан» или «Кайхан» — пришлая.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркским мужским именем Кайхан. В древнетюркском и монгольском языках слово «кай» (или «кайы») означает «скала», «твёрдый», а также входит в состав имён со значением «правитель» (хан). Таким образом, Кайхан можно перевести как «твёрдый (или скалистый) хан» — имя-пожелание, дававшееся с надеждой на несгибаемость и власть. Встречается и форма Кайхан с ударением на первый слог, что может быть диалектным вариантом того же имени.

Менее распространённая, но возможная версия — происхождение от прозвища Кайхан, связанного с глаголом «кайкать» (в некоторых говорах — «шататься», «болтаться»). В этом случае прозвище мог получить непоседливый или непостоянный человек. Однако эта гипотеза слабее, так как глагол узкорегионален, а имя Кайхан фиксируется в ономастических источниках по Северному Кавказу и Поволжью.

Географически фамилия Кайханов встречается у народов, испытавших тюркское влияние: у чеченцев, ингушей, кумыков, а также у татар. Это говорит о том, что фамилия могла возникнуть в среде мусульманских народов Кавказа или Волго-Уралья, а затем адаптироваться к русской паспортной системе через добавление суффикса. Сословно предки Кайхановых могли быть как рядовыми общинниками, так и представителями местной знати, поскольку имя «хан» в основе намекает на определённый статус, хотя к XIX веку оно часто становилось просто личным именем без реальной власти.

Таким образом, фамилия Кайханов — это, скорее всего, «сын Кайхана», где исходное имя несло в себе образ твёрдости и властности. Редкость фамилии делает её особенно ценной для семейной истории: носители, скорее всего, связаны с одним или несколькими родовыми гнёздами на Кавказе или в татарской среде.