Фамилия Каюшин — редкий пример, где форма на «-ин» образована не от женского имени или прозвища на «-а», а от мужского. Обычно суффикс «-ин» присоединяют к основам, кончающимся на гласную: «сын кого?» — «Петин», «Мишин». Но здесь мы видим Каюш-ин, где основа Каюш — это краткая форма имени или прозвища, звучавшая как Каюша. В русской народной традиции мужские имена легко усекались: Иван — Ваня — Ванюша, Касьян — Кася — Каюша. Так что предок носителя фамилии, скорее всего, был Каюшей — уменьшительным от Касьяна (латинское Cassianus, «принадлежащий Кассию»). Или же, что тоже вероятно, от крестильного имени Капитон (греческое «головастый») в форме Капюша, позже перешедшей в Каюша.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России — Вологодчине, Костромской и Нижегородской губерниям. В этих краях суффикс «-ин» у мужских фамилий встречается чаще, чем на юге, где предпочитали «-ов». Если верить архивным записям XIX века, Каюшины были преимущественно государственными крестьянами и мещанами — людьми, чьи фамилии закрепились поздно, уже после ревизских сказок, когда прозвище отца перешло к детям как родовое имя.

Есть и другая версия, менее популярная, но не лишённая смысла: диалектное слово «каюша» в некоторых говорах означало «кашевар» или «повар на промысле» (от «каюк» — лодка, где готовили пищу артелью). Тогда фамилия могла указывать на занятие: предок кормил рыбаков или сплавщиков леса. Однако эта гипотеза слабее, потому что «каюша» в значении «повар» нигде не фиксируется в письменных источниках как устойчивое прозвище, а вот антропонимическая модель «от имени» для «-ин» фамилий — основная.

Сравните с однокоренными: Каюшкин, Каюков, Каюров — все они восходят к тому же корню Каюш-/Каюк- и подтверждают, что основа была живым прозвищем, а не случайным звукосочетанием. Фамилия Каюшин — не частая, но и не исчезающая: её носители встречаются в современной России, особенно в Поволжье, куда в XX веке мигрировали крестьяне из северных губерний.