Фамилия Каюшкина образована по самой распространённой в русской ономастике модели — с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность к лицу, названному в основе. Основа здесь — Каюшка. Это не просто имя или прозвище, а уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Кай. Имя Кай в святцах не встречается, но в быту оно употреблялось как вариант греческого имени Гай (в переводе — «земной», «рождённый землёй») или как самостоятельное прозвище. В народной среде имя Кай могло закрепиться и от скандинавского «кай» — «чайка», хотя для русских деревень такая этимология маловероятна.

Прозвище Каюшка могло возникнуть и на местной почве: в северных и вологодских говорах «каять» означает «бранить, корить, упрекать». Соответственно, Каюшка — тот, кого часто кают, бранят, или же сам любитель покритиковать. В этом случае фамилия несёт отпечаток бытовой характеристики предка. Суффикс -ушк- в русских прозвищах и некалендарных именах типичен для северных и сибирских регионов, где часто образовывали ласкательные или ироничные формы от глагольных корней.

Фамилия Каюшкина (женская форма) и Каюшкин (мужская) встречается в основном в центральных и северных областях России, особенно в Костромской, Вологодской и Кировской областях. В переписных книгах XVII–XVIII веков такие фамилии фиксировались у крестьян и посадских людей, что подтверждает её простонародное происхождение. Дворянских родов с этой фамилией не известно, так что предки носителей, скорее всего, были земледельцами или ремесленниками.

Редкость фамилии подчёркивает и её звуковой облик: сочетание «каю» нехарактерно для массовых русских фамилий, образованных от канонических имён. Это говорит о том, что основа не была широко распространена, а закрепилась локально. Если сравнивать с однокоренными — Каев, Кайков, Каюров, — то Каюшкина выделяется именно суффиксом -ушк-, который придаёт фамилии оттенок уменьшительности или даже прозвищной насмешки.