Фамилия Кажданова — женская форма мужской фамилии Кажданов. Её основа, скорее всего, восходит к тюркскому или арабскому имени Ходжа (или Хаджи). В тюркских языках «ходжа» означало «господин», «учитель», «наставник», а также «купец». В арабском «хаджи» — это почётное звание для мусульманина, совершившего паломничество в Мекку.

Фамилия образована с помощью типичного русского патронимического суффикса -ов. Это указывает на то, что основатель рода, человек по прозвищу или имени Каждан (народная форма от Ходжа или Хаджи), был уважаемым человеком в своей общине. На стыке тюркского корня и русского суффикса произошло упрощение: «Ходжанов» или «Хаджинов» превратилось в более удобное для произношения «Кажданов».

Версия о происхождении от еврейской фамилии Кажданов (с ударением на первый слог) менее вероятна, но не исключена. В таком случае основа могла быть связана с названием местечка или профессией, но чётких лингвистических подтверждений этому нет. Гораздо больше оснований считать фамилию русской по форме и тюркской по корню, типичной для регионов, где русские соседствовали с татарами, башкирами или народами Кавказа.

Фамилия редкая, её носители могли быть выходцами из купеческой или духовной среды — тех слоёв, где звание «ходжа» или «хаджи» передавалось как родовое прозвище. Поскольку фамилия заканчивается на -ова, она принадлежит женщине; мужской вариант — Кажданов.