Фамилия Кекелия — случай, когда с первого взгляда понятна география, но неочевидна внутренняя форма. Это типичная фамилия западно-грузинского происхождения, характерная для Мегрелии и Абхазии. Окончание -ия (в грузинском варианте -ია) выдает принадлежность к западной Грузии, где такие фамилии, как Гулия, Берия, Кекелия, распространены шире, чем на востоке страны.

С корнем сложнее. Самая вероятная версия возводит основу «Кекел» к мегрельскому слову, означающему «кукушка» (кекელი). В таком случае фамилия — прозвище по птице, данное, возможно, человеку с характерным голосом или привычкой. В мегрельском языке слово «кукушка» звучит именно как «кекели», и суффикс -ия образует от него фамилию по модели «относящийся к кукушке» или «сын человека с прозвищем Кукушка». Это логично и укладывается в распространенную ономастическую практику — называть людей по птицам и животным.

Есть и другая версия, менее убедительная и скорее народная: связь с турецким словом «kekik» (чабрец, тимьян). Но для фамилии, бытующей именно в Грузии, мегрельская основа выглядит естественнее и подтверждается фонетическим сходством. Турецкое влияние в регионе было сильным, но в данном случае нет прямых доказательств, что прозвище дали по траве, а не по птице.

Социальный состав носителей типичен для Западной Грузии: среди предков могли быть как крестьяне, так и мелкие дворяне (азнауры), особенно в Мегрельском княжестве. Фамилия не указывает на конкретное ремесло или сословие — она просто закрепляет прозвище. В советское время носители фамилии встречались и в Абхазии, и в других регионах Грузии, а после распада СССР — в диаспорах России и Европы.