Фамилия Кенжемуратов — яркий пример тюркской модели образования фамилий, где в основе лежит сложное имя-композит. Она происходит от мужского личного имени Кенжемурат, которое в свою очередь состоит из двух компонентов: «кенже» (в тюркских языках — младший, последний, поздний ребенок) и «мурат» (от арабского «мурад» — цель, желание, стремление). Таким образом, имя Кенжемурат переводится как «младший Мурат» или, в более широком смысле, «позднее желанное дитя». В традиционных тюркских семьях, особенно в казахской, киргизской и каракалпакской культурах, имена с компонентом «кенже» давали младшему сыну, который часто оставался в родительском доме и наследовал хозяйство.

Суффикс «-ов» превращает имя в фамилию по русской патронимической модели, означая «сын Кенжемурата» или «принадлежащий роду Кенжемурата». Такое оформление характерно для фамилий народов Центральной Азии, оказавшихся под влиянием Российской империи и советской паспортной системы. Фамилия Кенжемуратов почти наверняка имеет казахские или каракалпакские корни, реже — киргизские или узбекские, так как именно в этих языках имя Кенжемурат встречается наиболее часто.

Любопытно, что фамилия сохранила архаичную огласовку: в современных тюркских языках имя могло бы звучать как Кенжемурат (с ударением на последний слог), но в русском написании через «о» (Кенжемуратов) закрепилось под влиянием орфографических норм. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Кенжемуратов стоит в одном ряду с Кенжебаевым, Кенжегалиевым и Кенжегуловым — все они образованы от имен с элементом «кенже», указывающим на младшего ребенка в семье. Однако в отличие от них, фамилия Кенжемуратов менее распространена и встречается преимущественно в Западном Казахстане и прилегающих районах Узбекистана (Каракалпакстан).

Носитель такой фамилии, скорее всего, потомок человека, которого в роду звали Кенжемуратом — то есть младшим сыном, родившимся у родителей, которые уже имели детей и долго ждали этого ребенка. Никакого сословного или профессионального значения фамилия не несет: она чисто именная, родовая. В советское время, при массовой паспортизации, фамилию зафиксировали именно в такой форме, и с тех пор она передается по мужской линии без изменений.