Фамилия Кербникова образована от прозвища Кербник. Его основа — слово «керб», которое в русских говорах означало пучок, вязанку, а также меру льна: десять десятков трепаного льна, или сто горстей. Человек, получивший такое прозвище, скорее всего, занимался обработкой льна — трепал, связывал в кербы, считал горсти. Это типичное «профессиональное» именование, каких много среди русских фамилий: по роду занятий предка.

Менее вероятна версия, связывающая прозвище с немецким глаголом kerben — «делать надрезы, нарезать канавки, насекать». Если принять её, Кербником могли называть плотника или лесоруба, работавшего с пазами и зарубками. Но для фамилии, бытующей в русской среде, первое объяснение — через лён — выглядит убедительнее: оно опирается на живую диалектную лексику, а не на заимствование.

Суффикс -ник в основе прозвища указывает на лицо по действию или предмету (сравните: «льняник» — торговец льном, «кербник» — тот, кто имеет дело с кербом). Фамилия оформлена типичным русским суффиксом -ов, который присоединяется к основам на твёрдый согласный. Форма Кербникова — женский вариант; мужской — Кербников.

Встречаемость фамилии невысока, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, она возникла в одном из северных или центральных регионов, где было развито льноводство. Потомок человека по прозвищу Кербник со временем закрепил за собой и своей семьёй фамилию Кербниковы.