Фамилия Керного — редкая и нестандартная для русского уха. Её основа и суффикс указывают на то, что перед нами, скорее всего, не исконно русское, а украинское или белорусское образование, записанное через русскую орфографию.

Ключ к пониманию — окончание «-ого». В русском языке фамилии с таким окончанием (Дурново, Благово) единичны и обычно происходят от застывшей формы родительного падежа прилагательного. В украинском же языке окончание «-ого» — это стандартная форма родительного падежа прилагательных мужского рода. Однако фамилии, образованные по этой модели, в Украине редки и часто имеют польское или белорусское происхождение. Но в данном случае, если отбросить окончание, остаётся основа «Керн-», которая не является прилагательным. Значит, скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или имени с помощью суффикса принадлежности, но по украинской модели: «Керн» + «-ого» (в значении «чей?» — Керного, то есть «сын Керна»).

Сама основа «Керн» может восходить к нескольким источникам. Первый и самый вероятный — немецкое слово «Kern», что означает «ядро», «сердцевина», «суть». В немецком языке это слово также могло быть прозвищем для крепкого, коренастого человека или для того, кто был «ядром» коллектива. Второй вариант — от немецкой фамилии Kern, которая была распространена среди немецких колонистов, приглашённых в Российскую империю в XVIII–XIX веках. Фамилия могла быть русифицирована: немецкое Kern превратилось в Керн, а затем, при записи в документы, получило типично украинское окончание «-ого». Третий, менее вероятный вариант — от греческого имени Керн (Κέρνος), но для России это экзотика.

Географически фамилия Керного, скорее всего, привязана к юго-западным губерниям Российской империи (современная Украина, Беларусь) или к местам компактного проживания немецких колонистов (Поволжье, Новороссия). Встречаемость фамилии крайне низкая, что делает её уникальной. Носитель такой фамилии мог быть потомком обрусевшего немца, получившего «украинское» оформление фамилии при крещении или записи в ревизские сказки, либо потомком украинца или белоруса, чей предок носил прозвище Керн. Прямого отношения к слову «керн» (образец горной породы) фамилия, скорее всего, не имеет — это более позднее техническое заимствование.