Фамилия Кесеян — типичный пример армянской модели фамилии, образованной с помощью суффикса -ян, который восходит к древнему -янц и указывает на принадлежность к роду (буквально «из рода такого-то»). В Армении такие фамилии повсеместно закрепились в XIX веке, вытеснив более старые формы с -унц или -енц. Основа Кес- здесь является ключом к происхождению.

Самая вероятная версия связывает Кесеян с тюркским словом «кесе» (kese), которое в армянском языке означает «кошелек», «мошна» или «казна». В таком случае родоначальник мог быть казначеем, сборщиком податей или зажиточным торговцем, имевшим дело с деньгами. В османской и закавказской среде слово «кесе» также использовалось как прозвище для бережливого или, наоборот, скупого человека. Это не ремесленная фамилия вроде Кузнецова, а скорее прозвищная, характеризующая социальный статус или черту характера предка.

Менее распространенная, но возможная версия — происхождение от армянского имени Кес (или Кесо), которое могло быть уменьшительной формой какого-либо полного имени. Если так, то Кесеян — это «потомок Кеса», то есть отчество, застывшее в фамилии. Однако учитывая, что имя Кес в армянском ономастиконе редкое, а слово «кесе» — общеупотребительное, версия с кошельком выглядит убедительнее.

Географически фамилия Кесеян чаще всего встречается среди армян, исторически проживавших в Западной Армении (на территории современной Турции) и в регионах с сильным армянским населением — в частности, в Эрзуруме, Ване и окрестностях. После геноцида 1915 года носители фамилии расселились по всему миру, но значительная их часть осела в Армении, России, США и странах Ближнего Востока. В отличие от фамилий на -ов, Кесеян не указывает на сословную принадлежность: ее могли носить и крестьяне, и горожане, и ремесленники, если в роду был тот самый «кесе» — казначей или человек с тугой мошной.